首先培养目标就不同
MBA是工商管理类硕士，MBA主要是培养能够胜任工商企业和经济管理部门高层管理工作需要的务实型、复合型和应用型高层次管理人才，兼具理论与实践相结合。MEM是工程管理硕士，针对工程实践进行计划、组织、决策、协调和控制。主要是为了适应我们国家现代工程事业发展对工程管理人才的迫切需求，完善工程管理人才培养体系，创新工程管理人才培养模式，提高我们工程管理的人才质量。因此，这也导致所接收的人群不同，MBA面向的人群比较广泛，几乎所有行业的人员都可以报名；而MEM更注重于面向工程类行业管理领域知识的培养，培养技术与管理的综合型人才。
此外报考人群和报考因素有不同
MBA的报考因素是很多考生位于管理层，但未系统学习过管理学知识，准备向管理层发展，需要通过读MBA为自己增加筹码转行，还有很多是想转金融与咨询或者提升学历，扩展人脉……
MEM报考人群主要是一些重要复杂的新产品、设备、装备在开发、制造、生产过程中的管理者;为生产过程服务的管理者，如IT技术、采购工程等等;技术创新、技术改造、转型的管理者;产业、工程和科技的重大布局与发展战略的研究管理者;工程建设项目实施中的管理者;想提升学历的人……
在课程设置上MBA课程重点多集中在金融、市场学、财务和组织管理等领域，更加适合商业、市场、企业直接的运作和联系的工作人员。MEM工程师通常需要有关项目、流程、运作、供应链和原材料等管理的知识，因此课程主要围绕如系统工程、全面质量管理、生产管理、产品设计和过程设计管理等。
学费及项目成熟度
就目前而言，MBA的学费比MEM的学费要高一些。比如北京光华非全日制MBA项目的学费高达39.8万，而北大软微非全日制MEM项目只需18.8万（这里注意一下，前两年光华MBA学费32.8万，软微非全MEM项目16.8万元）。MEM成立的时间没有MBA长，在成熟度上存在差距，但是可以肯定的是今后随着学科的完善，专业越来越受欢迎，学费肯定会有所上调。
在报考条件上
2020年《工程管理硕士(MEM)招生领域设置及要求(试行)》通知一出，MEM报考的条件就发生了变化，MEM部分专业(工业工程与管理和物流工程与管理)是可以接收应届生的，其他的依旧跟之前一样。MBA大多数情况下是本科毕业3年后，专科毕业5年后，博士或者硕士毕业2年后可以报考。部分学校会有特殊的报考条件，具体请查看院校招生简章。
此外很多院校无论是MBA还是MEM都开设了提前面试，我们来看一下两者相比的提前面试申请难度
MBA竞争激烈程度较高，对考生的背景要求也很高，对于想上岸顶尖名校MBA的考生，要努力打造自身的硬实力和软实力；如果背景一般而专业能力和素质还不错的同学，MEM是很不错的选择。笔试MBA和MEM都是参加全国管理类联考：管理类综合能力考试（200分），英语二（100分）。
最后，在这二者间具体如何选择还要看个人定位，学费压力，未来职业规划等综合评判，但如果偏向于综合管理来说的话，MBA要更合适一些。如果是专业管理/项目管理类的，更倾向于让大家选择MEM。
